Helsingin Sataman kehittämisohjelma on pitkä ja haastava projekti, joka toteutetaan 2020–2030-luvuilla. Kehittämisohjelman toimenpiteet eri satamanosissa ovat riippuvaisia toisistaan. Sataman normaalin toiminnan täytyy myös jatkua koko kehittämisohjelman ajan.

Kehittämisohjelman toteutuksessa keskeistä on eteneminen hallitusti ennalta suunnitellussa järjestyksessä. Vasta edellisen hankekokonaisuuden toteuttaminen mahdollistaa seuraavan osuuden toteutuksen, sillä järjestelyt yhdessä satamanosassa vaikuttavat keskeisesti seuraaviin järjestelyihin muissa satamanosissa. Kokonaisuutta ei siksi voida pilkkoa erillisiin osiin. Esimerkiksi ilman satamatunnelin rakentamista ei ole mahdollista vapauttaa Eteläsatamaa kaupungin muuhun käyttöön. Siksi matkustaja-autolauttaliikenne Eteläsatamassa on käynnissä siihen saakka, kunnes Länsisataman satamatunneli ja Katajanokan uudet järjestelyt ovat toteutuneet.

Kehittämisohjelman vaiheet

1. Kehittämisohjelman ensimmäisessä vaiheessa Länsisatama valmistellaan ottamaan vastaan koko Tallinnan liikenne. Ohjelman ensimmäiset toimenpiteet ovat satamatunnelin rakentaminen Länsisatamasta Länsiväylälle sekä käytettävissä olevan laituri- ja kenttätilan kasvattaminen Länsisatamassa. 
2. Länsisataman kehittäminen mahdollistaa kehittämisohjelman seuraavat vaiheet eli muutokset Katajanokalle ja Eteläsatamaan. Näistä Katajanokka toteutetaan ensin. Katajanokalla uusitaan matkustajaterminaali, mikä mahdollistaa koko Tukholman matkustaja-autolauttaliikenteen keskittämisen.
3. Kehittämisohjelman loppuvaiheessa Satama jättää Olympiaterminaalin ja Satamatalon kaupungille uuteen käyttöön. Eteläsatamaan jää satamatoimintojen osalta ainoastaan kansainvälistä risteilyliikennettä sekä varaus mahdolliseen pika-alusliikenteeseen.
4. Vuosaaren sataman laajennuksessa nykyistä satama-aluetta laajennetaan vastaamaan tulevaisuuden rahtiliikenteen tarpeita. Vuosaaren sataman kehittämisestä tehdään myös oma ympäristövaikutusten arviointimenettely.