Ympäristön huomioiminen on tänä päivänä merenkulun ehkä keskeisin vastuullisuusnäkökulma. Merkittävimpiä ympäristöhaasteita ovat hiilidioksidipäästöt, päästöt vesistöihin ja jätteet. Rikkipäästöjä on hillitty vuodesta 2015 lähtien EU-direktiivillä, joka määrittelee Itämerellä, Pohjanmerellä ja Pohjois-Amerikan merialueilla liikkuvien alusten rikkipäästöjen rajaksi 0,1 painoprosenttia. Vuoden 2020 alusta asti raja on ollut kaikilla muillakin maailman merillä 0,5 painoprosenttia.
Helsinki on Euroopan vilkkain ulkomaanliikenteen matkustajasatama. Helsingin Satama Oy luo sujuvat puitteet merimatkailulle mm. Tallinnaan ja Tukholmaan. Tavaraliikenteessä Helsingin Satama on Suomen johtava ulkomaanliikenteen yleissatama, joka palvelee Helsingin seudun ja koko maan elinkeinoelämää ja hyvinvointia.
