Ympäristön huomioiminen on tänä päivänä merenkulun ehkä keskeisin vastuullisuusnäkökulma. Merkittävimpiä ympäristöhaasteita ovat hiilidioksidipäästöt, päästöt vesistöihin ja jätteet. Rikkipäästöjä on hillitty vuodesta 2015 lähtien EU-direktiivillä, joka määrittelee Itämerellä, Pohjanmerellä ja Pohjois-Amerikan merialueilla liikkuvien alusten rikkipäästöjen rajaksi 0,1 painoprosenttia. Vuoden 2020 alusta asti raja on ollut kaikilla muillakin maailman merillä 0,5 painoprosenttia.