I och med centraliseringsprogrammet flyttas den nuvarande Sverigetrafiken från Södra hamnen till Skatudden och Hamnen avstår till största delen från Södra hamnen. Detta innebär möjligheter för staden att förnya Södra hamnens område till en del av det offentliga stadsrummet.

Planerna genomförs i samarbete med Helsingfors stad och genomförandets skeden har planerats så att det är möjligt att bygga Arkitektur- och designmuseet i Södra hamnen.

Magasinterminalen i Södra hamnen revs 2023. Hamnen överlämnar också Olympiaterminalen och Hamnhuset till staden för nytt bruk i slutet av utvecklingsprogrammet. Fram till dess betjänar Södra hamnen Stockholms färjetrafik som tidigare.

Behoven av internationell kryssnings- och eventuell snabbgående färjetrafik beaktas dock även vid framtida markanvändning.