Södra hamnen, Västra hamnen och Nordsjö hamn har miljötillstånd som styr verksamheten i enlighet med miljöskyddslagen. Genom tillstånden regleras buller- och utsläppsnivåer samt avfallshanteringen. Dessutom kräver tillstånden årlig observation och rapportering av miljökonsekvenserna.

Helsingfors samtliga hamnsektioner har gällande miljötillstånd i enlighet med miljöskyddslagen. Genom dem regleras bl.a. hamnverksamhetens buller- och utsläppsnivåer samt avfallshanteringen. Alla som är verksamma i hamnområdet måste följa miljötillstånden!