Helsingfors Hamns utvecklingsprogram är planerat att genomföras på 2020- och 2030-talet. Den gemensamma genomförandevägen för staden och Hamnen är planerad så att det uppskattningsvis är möjligt att bygga Arkitektur- och designmuseet i Södra hamnen.

Utvecklingsprogrammet genomförs en del åt gången, i en ordning planerad i förväg och på ett kontrollerat sätt. Det föregående projektet påverkar alltid följande. Arrangemang i en del av hamnen påverkar arrangemang i andra delar av hamnen, och helheten kan inte delas upp i separata delar. Till exempel kommer bilfärjetrafiken för passagerare i Södra hamnen att fortsätta tills arrangemangen i Skatudden och Västra hamnens hamntunnel har genomförts.

Först byggs Västra hamnen om till att ta emot all Tallinntrafik. De första åtgärderna är att bygga hamntunneln och utöka kaj- och fältlokalerna som används i Västra hamnen. 

Först därefter följer ändringarna i Skatudden och slutligen i Södra hamnen. I Skatudden förnyas terminalen med fokus på Stockholmstrafiken. I Södra hamnen rivs Magasinsterminalen och Hamnen överlämnar Olympiaterminalen och Hamnhuset till staden för nytt bruk. När det gäller hamnverksamheten i Södra hamnen kommer endast internationell kryssningstrafik samt en reservation för eventuell snabbgående färjetrafik att finnas kvar.