Helsingfors Hamns utvecklingsprogram är ett långt och utmanande projekt som genomförs på 2020–2030-talen. Utvecklingsprogrammets åtgärder i olika hamndelar är beroende av varandra. Samtidigt måste hamnens normala verksamhet fortsätta under hela utvecklingsprogrammet.

I genomförandet av utvecklingsprogrammet är det viktigt att man framskrider på ett kontrollerat sätt i den ordning som planerats i förväg. Först genomförandet av den föregående projekthelheten möjliggör genomförandet av nästa del, eftersom arrangemangen i en hamndel har en central inverkan på följande arrangemang i de övriga hamndelarna. Helheten kan därför inte splittras i separata delar. Utan byggandet av hamntunneln är det exempelvis omöjligt att frigöra Södra hamnen för stadens övriga bruk.

Därför pågår passagerar- och bilfärjetrafiken i Södra hamnen tills Västra hamnens hamntunnel och de nya arrangemangen i Skatudden har genomförts.

Utvecklingsprogrammets faser i hamnarna i centrum

1. I utvecklingsprogrammets första fas byggs Västra hamnen om för att ta emot all Tallinntrafik. De första åtgärderna i programmet är att bygga en hamntunnel från Västra hamnen till Västerleden och utöka det tillgängliga kaj- och fältutrymmet. 
2. Utvecklandet av Västra hamnen möjliggör utvecklingsprogrammets följande faser, det vill säga ändringar på Skatudden och i Södra hamnen. Av dessa genomförs Skatudden först. På Skatudden förnyas passagerarterminalen, vilket möjliggör koncentrerandet av all passagerar- och bilfärjetrafik till Stockholm.
3. I slutskedet av utvecklingsprogrammet överlämnar Hamnen Olympiaterminalen och Hamnhuset till staden för nytt bruk. När det gäller hamnverksamheten i Södra hamnen kommer endast internationell kryssningstrafik samt en reservation för eventuell snabbgående färjetrafik att finnas kvar.
4. Vid utvidgningen av Nordsjö hamn utvidgas det nuvarande hamnområdet så att det motsvarar framtida behov för godstrafik. För utvecklandet av Nordsjö hamn görs även ett eget förfarande för miljökonsekvensbedömning.