Frakt passerar genom de olika delarna av Helsingfors Hamn vanligtvis i containrar, långtradare, släpvagnar och andra stora enheter. Nordsjö godshamn betjänar container- och ro-ro-trafik. Genom passagerarhamnarna i stadskärnan, det vill säga Västra hamnen, Södra hamnen och Skatuddens hamn passerar en stor mängd gummihjulstrafik (t.ex. lastbilar, långtradare och släpvagnar som transporterar frakt) vid sidan av den livliga passagerar- och bilfärjetrafiken.

Lovisa Hamn är Helsingfors Hamns dotterbolag, ett servicecenter som är specialiserat på industritransporter och som utvidgar Helsingfors Hamns serviceutbud utanför passagerartrafiken och trafiken med stora enheter.