Rahti kulkee Helsingin satamanosien läpi yleensä konteissa, rekoissa, perävaunuissa tai muissa suuryksiköissä. Vuosaaren tavarasatama palvelee kontti- ja roroliikennettä. Kaupungin keskustan matkustajasatamissa, eli Länsisatamassa, Eteläsatamassa ja Katajanokan satamassa kulkee vilkkaan matkustaja-autolauttaliikenteen mukana merkittävä määrä kumipyöräliikennettä, eli esimerkiksi kuorma-autoja, rekkoja ja perävaunuja, jotka kuljettavat rahtia.

Loviisan satama on Helsingin Sataman tytäryhtiö, teollisuuden lasteille erikoistunut palvelukeskus, joka laajentaa Helsingin Sataman tarjontaa matkustaja- ja suuryksikköliikenteen ulkopuolelle.