Helsingin Sataman kehittämisohjelma on suunniteltu toteutettavaksi 2020–2030-luvuilla. Kaupungin ja Sataman yhteinen työ on suunniteltu siten, että Arkkitehtuuri- ja design-museon rakentaminen Eteläsatamaan on mahdollista.

Kehittämisohjelmaa toteutetaan osa kerrallaan, ennalta suunnitellussa järjestyksessä ja hallitusti. Edellinen hanke vaikuttaa aina seuraavaan. Järjestelyt yhdessä satamanosassa vaikuttavat järjestelyihin muissa satamanosissa, eikä kokonaisuutta voi pilkkoa erillisiin osiin. Esimerkiksi matkustaja-autolauttaliikenne Eteläsatamassa on käynnissä siihen saakka, kun Katajanokan järjestelyt ja Länsisataman satamatunneli ovat toteutuneet.

Ensin Länsisatama valmistellaan ottamaan vastaan koko Tallinnan liikenne. Ensimmäiset toimenpiteet ovat satamatunnelin rakentaminen sekä käytettävissä olevan laituri- ja kenttätilan kasvattaminen Länsisatamassa. 

Vasta sitten seuraavat Katajanokan ja lopulta Eteläsataman muutokset. Katajanokalla uusitaan terminaali ja keskitytään Tukholman liikenteeseen. Eteläsatamassa puretaan Makasiiniterminaali ja Satama jättää Olympiaterminaalin ja Satamatalon kaupungille uuteen käyttöön. Eteläsatamaan jää satamatoimintojen osalta ainoastaan kansainvälistä risteilyliikennettä sekä varaus mahdolliseen pika-alusliikenteeseen.