Merenkulun historiassa tapahtui 1960-luvun lopulla kaksi keskeistä muutosta, jotka mullistivat myös Helsingin sataman toiminnan. Ensimmäinen mullistuksista liittyi rahtiliikenteeseen, jossa painopiste alkoi kiihtyvällä tahdilla siirtyä kohti konttiliikenteen yleistymistä. Toinen taas liittyi uudenlaisten autolauttojen tuomiseen liikenteeseen. Molemmat uudistukset eivät vaikuttaneet vain liikennöintiin vaan edellyttivät myös satamien toiminnan uudelleenjärjestämistä.

Helsingissä merkittävin muutos oli matkustajaliikenteen räjähdysmäinen lisääntyminen 1970-luvun alusta lähtien. Tuolloin käynnistyi ympärivuotinen säännöllinen matkustajaliikenne. Pian tämän jälkeen Eteläsatamaan saapuivat ensimmäiset uudenlaiset autolautat. Viking Linen ja Silja Linen autolautat tulivat pian kiinteäksi osaksi merellisen Helsingin kaupunkikuvaa.

Matkustajaliikenne kiihtyi entisestään vuosisadan viimeisenä vuosikymmenenä kylmän sodan päätyttyä. Matkustajaliikenne Viroon ohitti nopeasti Ruotsin. Samalla Pietarin uudenlainen avautuminen houkutteli Suomenlahdelle myös entistä useampia risteilyaluksia.

Kolmessa vuosikymmenessä vuosittaiset matkustajamäärät kasvoivat muutamasta sadasta tuhannesta lähes kymmeneen miljoonaan matkustajaan.

Vastaava kehitys nähtiin myös tavaraliikenteessä. Tultaessa 1970-luvun lopulle Helsingin Satama välitti jo merkittävän osan koko maan konttiliikenteessä. Jo tuolloin oli selvää, että Helsingin sataman kasvun ja kapasiteetin rajat tulisivat vastaan vuosituhannen vaihteen aikoihin. Samoihin aikoihin alkoi myös keskustelu kaupungin rantojen käyttötarkoituksen muuttamisesta. Helsingin perustamisesta lähtien satamien tavaraliikenne oli keskittynyt kantakaupungin alueelle, mutta nyt uutta satamapaikkaa etsineiden katseet kääntyivät kaupungin rajoille ja niiden ulkopuolelle.

Aikojen muuttumisesta vuosisadan lopulla kertoi myös se, että vuonna 1995 Helsingin satamalaitos yhtiöitettiin Helsingin satama -nimiseksi liikelaitokseksi.