Suomenlinnan kyljessä hitaasti kasvaneesta pienestä Helsingistä tuli vuonna 1812 uuden suuriruhtinaanmaan pääkaupunki, ja samalla muuttui merkittävällä tavalla myös sen sataman asema. Aleksanteri I jopa esitti yhdeksi perusteeksi pääkaupungin uudelle sijainnille Helsingin ”oivallisen sataman”.

Lyhyehkön merimatkan päässä keisarillisen perheen kotikaupungista Pietarista sijaitsevan Helsingin satama sai merkityksellisen roolin, kun sen kautta kulkivat kautta niin uudet hallitsijat, matkustajat, kauppiaat, aatteet ja ravinto kuin rakentajat ja rakennusaineetkin uusien mahtavien hallintomonumenttien rakentamiseen. Kasvu oli kuitenkin verkkaista ja helsinkiläisyys leimallisesti vielä pikkukaupunkielämää.

Vesiliikenteen solmukohta siirrettiin nyt Eteläsatamaan Pohjoissataman muotoutuessa halkosatamaksi. Helsinki oli leimallisesti tuontisatama, ja suurin osa laivoista lähti sen rannoilta painolastissa. Satamalaitos sai vähitellen virallisemmat puitteet, kun vuonna 1823 perustettiin ensin tuulaakikonttori (myöhemmin liikennekonttori), 1845 saatiin kaupunkiin satamajärjestys (vahvistettiin 1848) ja vuonna 1846 perustettiin rahatoimikamarin alainen satamakonttori, jonka toiminta perustui satamajärjestykseen. Sen toteuttamista valvoi erityinen satamamestari – tuon ajan kielellä haminamestari (hamnmästare) – apunaan satamapalvelijat ja -kirjanpitäjä. Helsinki oli 1800-luvun jälkipuoliskolle saakka vielä leimallisesti ruotsinkielinen satamakaupunki.

Kahden Viaporin piirityksen (1808 ja 1855) rajaama ajanjakso oli venäläisen Helsingin muotoutumisen aikaa, jolloin uusi pääkaupunkiasema, höyrylaiva-aikakauden alkaminen, sataman kautta kulkevat venäläiset vieraat ja Kaivopuiston merikylpylän lyhyt, mutta loistokas kukoistuskausi leimasivat niin kaupungin kuin kehittyvän satamankin elämää. Uuden Eteläsataman kupeessa myös torielämä vilkastui.  Laivoilla kulki paikallisten ja matkustajien lisäksi kansainvälisiä vieraita, sotalaivoja ja diplomaatteja sekä enenevässä määrin myös venäläisiä sotilaita. Matkailu muuttui mukavammaksi uuden tulli- ja matkustajapaviljongin valmistumisen (1885) myötä.

1850-luvun puolivälissä käyty Krimin sota näkyi laajasti Suomen rannikoilla, ja sen vaikutukset ulottuivat myös Helsinkiin. Sataman äärettömän tärkeä merkitys kaupungin ruokahuollon kannalta tuli näkyväksi, kun ”Oolannin sota” sulki hetkellisesti kaupungin sataman englantilais-ranskalaisten joukkojen piirittäessä lähivesiä. Kaupunkilaisille selvisi hyvin konkreettisesti sataman tärkeys, kun ruokatavara alkoi loppua ja postikin kiersi maateitse Ruotsin kautta. Nälän lisäksi Viaporin pommitus toi oman draamansa kaupungin arkeen.