Vuonna 1914 muutos tuli mereltä kuten ennenkin, mutta ei aivan niin nopeasti kuin Helsingissä tuolloin pelättiin. Ensimmäisen maailmansodan sytyttyä helsinkiläiset suuntasivat Tähtitorninmäelle ja Kaivopuistoon kiikaroimaan merelle, josta odotettiin saksalaisten hyökkäystä. Saksalaiset tulivatkin, mutta vasta reilun kolmen vuoden kuluttua.

Sota katkaisi Helsingin meriyhteyden länteen. Viaporin hallitsemaa linnoituskaupunkia oli sallittua lähestyä vain idästä ja vain päiväaikaan. Purjehduskiellon raja kulki Harmajan ja Tallinan edustan Kokskärin majakan väliltä.

Helsingin satamasta tuli vuosiksi 1914-1918 myös sotasatama. Helsinki oli yksi Itämeren laivaston päätukikohdista ja sotalaivat hallitsivat kaupungin satamien elämää. Helsingin satama oli jälleen portti sotaan. Laivat veivät keisarillisen armeijan joukkoja maailmansodan itärintamalle ja toivat haavoittuneita paluulastina kaupungin sotasairaaloihin.

Miesten lisäksi sotaan vietiin laivalasteittain Helsinkiläisten ja muiden suomalaisten tehtaiden valmistamia sotatarvikkeita. Sotatalouden piristämä talous pyöri pian ylikierroksilla. Samalla tuonnin keskeytyminen aiheutti vakavia ongelmia. Helsinki – kuten suurin osa Suomesta – oli elänyt tuontiviljasta, joten läntisten meriyhteyksien katkeaminen alkoi vähitellen näkyä pahenevana elintarvikepulana. Kriisi kärjistyi vuosina 1917-1918, jolloin kaupunkia uhkasi jo suoranainen nälänhätä.

Maaliskuussa 1917 vallankumouksen aallot levisivät Itämeren laivaston kautta koko kaupunkiin. Venäjän vallankumousta seurasi sisäisen valtataistelun aika myös Suomessa. Maa itsenäistyi vuodenvaihteessa 1917-1918, mutta keskinäinen vihanpito oli jo viemässä kansakuntaa sisällissotaan. Keväällä 1918 Helsingistä tuli punaisen Suomen pääkaupunki, jonka tarina päättyi Saksan armeijan ja laivaston hyökkäykseen.

Itsenäistyneen Suomen pääkaupungin sataman liikenne elpyi sisällissodan jälkeen. Sotaa edeltäviin lukuihin päästiin jo vuonna 1919. Helsingin satamissa käynnistyi pian suuret laajentamistoimet ja liikenne kaksinkertaistui muutamassa vuodessa.