Uuden vuosituhannen ensimmäiset parikymmentä vuotta ovat olleet Helsingin satamalle suurten muutosten aikaa. Vuosaaren huippumoderni satama otettiin käyttöön vuonna 2008. Samalla perinteiset rahtisatamat Sörnäisissä ja Länsisatamassa suljettiin.

Aina Helsingin perustamisesta saakka rahtisatamat olivat sijainneet kantakaupungissa, joten kaupunkikuvan kannalta muutos oli valtava. Helsingin satama ei rahtiliikenteen osalta ole enää samalla tapaa näkyvä osa kaupungin elämää. Rahdin kuljettaminen matkustaja-autolautoilla toki jatkui, joten aivan kokonaan sataman rahtiliikenne ei kantakaupungista kadonnut.

Samaan aikaan ennätystehtailu jatkui matkustajaliikenteessä. Kymmenen miljoonan matkustajan vuosittaisen matkustajan raja rikkoutui vuonna 2011 ja vuonna 2019 matkustajia oli jo yli 12 miljoonaa. Helsinki oli näin 2010-luvun lopulla Euroopan vilkkain matkustajaliikenteen satama.

Rahtiliikenteen väistyessä länsisatamaa kehitettiin etenkin Viron laivaliikennettä sekä risteilijöitä ajatellen. Vuonna 2017 otettiin käyttöön uuden ajan moderni uusi länsiterminaali (T2). Ennätysvuosia seurasivat kuitenkin matkustajaliikenteen merkittävä vähentyminen koronapandemian vuosina 2020-2021,

Sataman organisaatiohistoriassa otettiin kauan odotettu askel vuonna 2015, kun Helsingin satama muutettiin liikelaitoksesta osakeyhtiöksi.